Što bi mogao biti problem ako se bendovi ne pojavljuju u Western Blotu?

Što bi mogao biti problem ako se bendovi ne pojavljuju u Western Blotu?
Anonim

Odgovor:

Mnogi…

Obrazloženje:

Postoje mnogi razlozi zašto se bendovi možda neće pojaviti na zapadnoj podlozi. Jesu li kombinacije uzoraka i antitijela radile u prošlosti?

U nastavku su samo neki od kojih se mogu sjetiti u ovom trenutku koji mogu uzrokovati da se bendovi ne pojavljuju:

  1. Je li prijenos proteina iz gela? Pokušajte obojiti membranu s nečim poput ponceau S ili amido crne da vidite jesu li prisutne trake. Ponekad možete vidjeti proteinske vrpce na membrani tako da ih navlažite i držite pod kutom prema svjetlu.

  2. Djeluje li primarno antitijelo? Ovo je teško testirati i jedini način na koji to možete je uključivanje pozitivne kontrole tamo gdje znate da je prisutan protein od interesa. Ako imate neki od proteina od interesa, mogli biste ga pokušati uočiti na Western blotting membrani (tj. Ne pokrećete gel) i vidjeti ako dobijete rezultat ako obrađujete membranu kao da je Western blot.

  3. Je li sekundarno antitijelo prepoznaje primarno antitijelo? Opet, teško je testirati. O jedinom testu koji možete napraviti je gore spomenuti test u 2..

  4. Radi li sustav za detekciju? Ovisno o metodi detekcije koju upotrebljavate, možete pokušati napuniti neke od sekundarnih antitijela da biste vidjeli radi li otopina za detekciju, kao i aktivirajuće sredstvo / enzim na sekundarnom antitijelu. To jest, možete li pokrenuti reakciju samo sa sekundarnim antitijelima?

Naposljetku, to bi moglo biti jednostavno kao jedno od rješenja korištenih tijekom sondiranja nepravilno sastavljene parcele. Na primjer, ako je koncentracija soli u puferu pogrešna, to može uzrokovati oslobađanje antitijela iz blota. Isto bi se dogodilo i ako bi pH pufera bio netočan.

"Najčudniji" uzrok zapadnjačkog upijanja koje nisam osobno iskusio bio je kada smo promijenili dobavljača mlijeka u prahu kojim smo blokirali membranu. Prašak iz novog dobavljača sadržavao je fosfotirozin fosfatazu koja je uklonila sve fosfatne skupine koje smo pokušavali otkriti našim anti-fosfotirozinskim antitijelima.